Penjaminan mutu perguruan tinggi adalah proses penetapan dan pemenuhan standar mutu pengelolaan perguruan tinggi secara konsisten dan berkelanjutan, sehingga semua pemangku kepentingan memperoleh kepuasan. Universitas Brawijaya beserta unit kerjanya termasuk di dalamnya PS Instrumentasi telah melakukan sistem penjaminan mutu ini. PS Instrumentasi berdasarkan Visi, Misi, Tujuan, Sasaran dan Strategi Pencapaian PS Instrumentasi yang telah disusun serta mengacu pada RENSTRA dalam menyelenggarakan proses pendidikan harus memenuhi standar mutu pendidikan sehingga menjamin mutu lulusan sesuai dengan kompetensi yang ditetapkan/dijanjikan. Hal ini tentunya harus dilaksanakan secara konsisten dan ditingkatkan secara berkelanjutan. Untuk itu telah dibentuk Tim Unit Jaminan Mutu (UJM) di level jurusan Fisika, dengan koordinasi dengan Pusat Jaminan Mutu (PJM) di tingkat universitas dan Gugus Jaminan Mutu (GJM) di tingkat fakultas. Organisasi fungsional tim UJM ini telah mengalami pergantian beberapa kali dan seluruhnya berdasarkan Surat Keputusan Dekan FMIPA. Bila dilihat dari Tugas Pokok dan Fungsi, Unit Jaminan Mutu mempunyai tupoksi sebagai berikut :
  1. Menyusun standar mutu akademik tingkat jurusan Fisika;
  2. Melaksanakan audit sistem dan audit kepatuhan secara rutin;
  3. Menyampaikan laporan hasil audit dengan rekomendasinya secara tertulis kepada pimpinan jurusan Fisika;
  4. Memantau, mengevaluasi, dan melakukan analisis terhadap tindak lanjut pelaksanaan rekomendasi yang telah disetujui.
Tim UJM Fisika ini telah membuat dokumen penjaminan mutu dengan koding tertentu serta diharapkan membantu PS Instrumentasi dalam mengevaluasi kinerja akademik yang secara rutin diaudit tiap tahun. Beberapa dokumen telah disusun antara lain Dokumen Visi Misi, Rencana Strategis, Pedoman Pendidikan, Manual Mutu, Standar Mutu, Manual Prosedur, Instruksi Kerja, Dokumen pendukung dan borang-borang. Sasaran mutu yang tercantum dalam Manual Mutu jurusan Fisika yakni :
  1. Menjamin bahwa akreditasi PS S1 dan S2  di lingkungan jurusan Fisika memiliki akreditasi A.
  2. Memastikan bahwa kepatuhan terhadap setiap Audit Internal Mutu (AIM) yang dilakukan secara berkala minimal adalah 80 %. Siklus AIM di Universitas Brawijaya dilakukan setahun sekali dan selama ini audit untuk PS Instrumentasi masih dimasukkan di PS S1 Fisika.
  3. Menjamin bahwa capaian sertifikasi ISO 9001:2008 tetap dapat dipertahankan.
  4. Menjamin bahwa layanan prima dapat diterapkan pada level jurusan Fisika.
Sasaran mutu ini diuraikan secara lengkap pada dokumen Manual Mutu. Dengan dokumen yang sudah dibuat dengan lengkap beserta koding yang tertata, diharapkan pelaksanaan sistem penjaminan mutu dapat dilaksanakan. Untuk mengetahui capaian sistem penjaminan mutu ini dapat dilihat antara lain dari:
  1. Mahasiswa dan lulusan datanya sebagian besar disusun oleh bagian urusan administrasi akademik. Aktivitas mahasiswa adalah data perkembangan pendidikan mahasiswa mulai dari profil kelulusan mahasiswa: IPK, masa studi, prestasi mahasiswa, layanan kemahasiswaan sampai pada tanggapan terhadap kualitas alumni.
  2. Sumber Daya Manusia meliputi kualifikasi akademik dosen dan peningkatan SDM dosen. Kualifikasi meliputi aktivitas dosen, aktivitas mengajar, pendidikan dan jabatan dosen, serta sertifikasi pendidik. Sedangkan peningkatan SDM dosen dicapai melalui studi lanjut, penerimaan hibah, forum-forum ilmiah, penguji di dalam dan luar negeri. Selain itu kualifikasi pendidikan tenaga pendidikan juga perlu diperhatikan.
  3. Kurikulum, pengembangan kurikulum yang mengikuti perkembangan jaman dan sesuai dengan permintaan stakeholder, pembelajaran misal kuis, ujian tengah semester, ujian akhir semester yang mengacu pada SAP, serta pembimbingan tugas akhir.
  4. Penelitian dan pengabdian kepada masyarakat serta kerjasama yang diwujudkan dalam kuantitas dan kualitas penelitian, pengabdian kepada masyarakat dan kerjasama.
  5. Umpan balik berupa kuisioner yang diberikan ke mahasiswa di setiap akhir kuliah untuk menilai kemampuan dosen dalam menyampaikan informasi ke mahasiswa.
  6. Adanya tindak lanjut terhadap umpan balik yang diberikan pihak luar.
Pelaksanaan Sistem Penjaminan Mutu di PS Instrumentasi FMIPA UB masih terus diupayakan. Dokumen mutu telah tertata dengan baik. Untuk dokumen akademik dan pendukungnya masih terus diupayakan agar terdokumentasi dengan baik. Umpan balik yang masuk dari beberapa pihak dibicarakan dalam Tinjauan Manajemen (Management Review) yang telah diatur pelaksanaannya dalam Manual Prosedur Tinjauan Manajemen. Dalam Tinjauan Manajemen ini dibicarakan hasil audit, umpan balik, kinerja proses, tindakan pencegahan dan perbaikan, tindak lanjut tinjauan manajemen sebelumnya, perubahan yang dapat mempengaruhi sistem manajemen mutu, serta rekomendasi. Hasil yang didapat signifikan dimana dapat digunakan untuk  mengetahui kelemahan dari kacamata pengguna sehingga dapat memperbaiki secara berkelanjutan.